Το Ε.Ε.Ε.Ε.Κ. Σερρών διαθέτει σύγχρονο και αρκετά καλά εξοπλισμένο εργαστήριο πληροφορικής.
Χρησιμοποιείται για να καλύψει τις ανάγκες των μαθητών τόσο με αυτισμό, όσο και για τους μαθητές με νοητική υστέρηση, μαθησιακές δυσκολίες, πολλαπλές αναπηρίες κ.τ.λ που φοιτούν στο Ε.Ε.Ε.Ε.Κ. Σερρών.
Χρησιμοποιούνται κατά περίπτωση εξειδικευμένες περιφερειακές συσκευές όπως πληκτρολόγια μεγάλων πλήκτρων με ειδικά πλέγματα απομόνωσης πλήκτρων, Roller Plus Joysticks, Roller Plus Trackball κ.τ.λ.
Οι μαθητές χρησιμοποιούν κατά κύριο λόγο ειδικό εκπαιδευτικό λογισμικό, εγκεκριμένο από το Υπουργείο Παιδείας, που αφορά τα Μαθηματικά, την Γλώσσα, την Αυτόνομη Διαβίωση, την Μελέτη Περιβάλλοντος κ.τ.λ.
Στόχος του εργαστηρίου είναι η παροχή συγκεκριμένων δεξιοτήτων στα παιδιά, ανάλογα με τις δυνατότες του καθενός, καθώς και το να αυτονομηθούν σε όσο το δυνατόν μεγαλύτερο βαθμό στην λειτουργία και χρήση του Η/Υ. Για τον λόγο αυτό και η διδασκαλία του συγκεκριμένου μαθήματος είναι κατά κύριο λόγο εξατομικευμένη.